EL SGCC se divide en diferentes archivos donde almacenar los documentos. Estos archivos, a su vez, disponen de carpetas. En el SGCC de ejemplo, éste se divide en dos carpetas:
· Un Manual de Calidad de obligado cumplimiento para toda la organización.
· Formatos y Registros: Modelos de formularios, cuestionarios, plantillas y otros documentos que permitan al auditor dejar evidencia de su trabajo y del cumplimiento del SGCC. Se distinguen aquellos alojados en el Manual de calidad y aquellos que están en el Máster de auditoría de la Firma (ej. Master 1x de Gesia).
A su vez, el Manual de calidad contiene:
· Manual de Procedimientos para los distintos procesos generales de la organización (Aceptación de clientes, personal, ejecución de los trabajos, etc.).
· Manual Operativo que detalla las políticas y procedimientos de cómo llevar a cabo los trabajos de auditoría y donde se recogen los programas, cuestionarios, guías, el sistema de archivos, carpetas y referencias, revisión del trabajo, etc.

Esta pantalla consta de dos partes esenciales:
Relación de los Archivos y de las Carpetas que contienen.
Descripción de todos aquellos aspectos que el auditor considere de interés y sea relevante de cada Archivo/Carpeta.
Manejo
Al igual que en Áreas, el programa no tiene ningún Archivo predefinido, por lo que deberán ser creados por el usuario, de acuerdo a su especial sistema de documentar los trabajos.
Antes de crear las Carpetas se ha de dar entrada a los Archivos:
- Supongamos que deseemos crear el ARCHIVO MANUAL DE CALIDAD.
- Me sitúo en la carpeta raíz ‘Archivos’
- Presionaremos el botón NUEVO y cumplimentaremos los datos solicitados en la pantalla siguiente:

Ejemplo:
1- Introduciremos el código identificativo del ARCHIVO (0MC) y su descripción MANUAL DE CALIDAD. Pulsando Aceptar se daría entrada al sistema.
2- Para dar de alta a las Carpetas y seleccionado el Archivo al que pertenezcan, daríamos al botón NUEVO, y procederemos de forma similar a la comentada para Archivos.
Listados
ARCHIVOS Y CARPETAS: Permite listar todos los que han sido dados de alta por el usuario
ARCHIVOS Y CARPETAS CON DESCRIPCIONES: Se incluyen los comentarios y textos incorporados a cada una de ellas.